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C'est un peu hors FFMPEG mais ceci vous permet d'appliquer un script sur un ensemble de fichiers. (linux)

for i in *.flac ; do 
    ffmpeg -i "$i" -acodec libmp3lame $(basename "${i/.flac}").mp3 
    sleep 60 
done

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Pour lancer un même traitement sur plusieurs fichiers, utiliser ce code

for %%F in ("*.mp4") do ffmpeg -sseof -20 -i "%%F" -map 0:0 -map 0:1 -map 0:2 -c:v copy -c:a:0 copy -c:a:1 copy "%%~nF_trimmed.mp4"

Dans ce cas, applique le traitement

ffmpeg -sseof -20 -i "%%F" -map 0:0 -map 0:1 -map 0:2 -c:v copy -c:a:0 copy -c:a:1 copy "%%~nF_trimmed.mp4"

à tous les fichiers MP4

for %%F in ("*.mp4") do

du dossier courant.

ATTENTION : il faut vérifier que votre système d'exploitation intègre bien le shell utilisé ! (ici Windows donc batch)