La rotation d'une video se fait via une "transposition" (mauvaise traduction de l'anglais ? )

ffmpeg -i ori.mp4 -vf "transpose=1" ret.mp4

Plusieurs valeurs sont possibles derrière transpose= :

• 0 = 90 Contre-rotation dans le sens des aiguilles d'une montre et Vertical (par défaut)
• 1 = 90 dans le sens horaire
• 2 = 90 dans le sens antihoraire
• 3 = 90 Rotation horaire et verticale

Il est aussi possible de donner un angle libre de rotation : 

ffmpeg -i out1.mp4 -vf "rotate=44" -strict -2 out44.mp4

Le fichier aura fait une rotation de 44 degrés

Pour appliquer un mirroir : ffmpeg -i out.mp4 -filter:v "hflip,vflip" -c:a copy flip.mp4